به تدریج نیاز نیروهای رزمی و عملا نیاز جبهه به تخصصهای نظامی كم كم از بین رفت. همین موضوع باعث شد به مرور زمان ابتكار عمل در خط مقدم بدست سپاه نیفتد و نیروی زمینی ارتش كه در مدت طولانی پس از آزادسازی خرمشهر پتانسیل بالای خود را در اولین عملیاتهای آزادسازی با موفقیت به ارا گذاشته بود. در جبهههای میانی محدود شده و عملا به نوعی سرگرم جنگ گردد. اگر به موضوع فوق نكات زیر را هم بیفزائیم ـ كه برای كوتاهتر شدن كلام به طور خلاصه به آنها اشاره میشود ـ نگاه ما دقیقتر خواهد بود.
ـ خط استراتژی دقیق و از پیش تعیین شده نظامی جز در چند عملیات بزرگ
ـ كوچك بودن صحنههای عملیات در بسیاری از موارد تا آن حد كه طراحی استراتژیك را غیر ممكن میكرد
ـ صرفهجویی در استفاده از امكانات زرهی به علت تحریم تسلیحاتی و فشار اقتصادی
ـ تشكیل شدن بدنه ارتش از سرباز بر خلاف داوطلب بودن نیروهای تحت فرماندهی سپاه
ـ كسب مجوز توسط سپاه برای گرفتن سرباز و جذب سربازهای انقلابیتر و محروم شدن ارتش از آنها كه بالطبع ایجاد دوگانگی بیشتر در روحیه ارتش و سپاه میكرد.
ـ دستگیری فرمانده نیروی دریایی ارتش (ناخدا یكم افضلی) و فرمانده جبهه میانی نیروی زمینی (سرهنگ عطاریان) به جرم عضویت در حزب توده و جاسوسی برای شوروی كه باعث متهمتر شدن ارتش به دور بودن از انقلاب و فاصله گرفتن از سپاه كاملا انقلابی شد.
امام به این موضوع توجه جدی داشتند. بیانات و پیامدهای ایشان در طی سالهای نیمه دوم جنگ مالامال از تذكرات در این موارد است. میفرمودند « شما توانستید در مقابل تمام قدرتهای عالم بایستید و تا این روح برادری محفوظ است ... شما محفوظید» «اگر بناباشد كه یك وقت خدای نخواسته ارتش بگوید من سپاه هم بگوید من بسیج هم بگوید من آن روز است كه فاتحه همهتان خوانده شده است». ایشان به فرمانده سپاه میگفتند « همیشه به سپاه سفارش كنید .... با ارتشی ها با برادری رفتار كنند» و در پاسخ به شهید محلاتی نماینده خود در سپاه كه در مورد اقدام برای جلوگیری از گروهگرایی سؤال كرده بودند مرقوم كردند: «در این امر كه با سرنوشت سپاه سر و كار دارد با قاطعیت و بدون ملاحظه از احدی انجام گیرد».
هر چند تدابی رامم كاهش دهنده بخشی از مشكلات بخصوص كم توجهی سپاه به ارتش بود ولی واقعیت این بود كه ابتكار عمل جنگ در دست سپاه بود نه ارتش. بنابراین احساس میشد كه هم سپاه باید امكانات بیشتری داشته باشد و هم منظمتر عمل كند. در همین راستا امام به سپاه دستور دادند كه تحت نظارت آیتالله خامنهای از بعضی امكانات ارشت استفاده كند» همینطور در ششمین سال جنگ حكم تشكیل 3 نیروی مجزای زمینی ، هوایی و دریایی را به سپاه ابلاغ كردند.

